Viking Linen alukset eivät päästä typpeä, fosforia ja öljyä sisältäviä jäte- eikä pilssivesiä mereen. Kaikki käytetty vesi pumpataan maihin ja näin pienennetään Itämeren kuormitusta.
Aluksilla muodostuu pääasiassa kahta erityyppistä jätevettä: harmaata vettä, eli suihku- ja muuta pesuvettä, sekä mustaa vettä, eli jätevettä käymälöistä. Konehuoneissa syntyy öljypitoista vettä, eli pilssivettä.
MARPOLin mukaan mustan- ja pilssiveden päästäminen mereen on sallittua, mikäli tietyt vesille asetetut kriteerit täyttyvät. Harmaan veden päästöä mereen ei säännellä lainsäädännöllä. Viking Line tuo kaikki jäte- ja pilssivetensä maissa toimivien puhdistuslaitosten käsiteltäviksi, mikä ylittää sääntöjen vaatimukset.